Windows7でも、Program Filesフォルダを別ディスクに配置してシンボリックリンクやジャンクションを張った場合、Windows Updateでcode 80070011エラーがでます。
都度、pending.xmlを修正して回避可能ですが面倒です。
http://moblog.wiredwings.com/archives/20080301/Vista-Windows-Update-Error-80070011-Semi-Automated-Fix.html
Vistaの頃からですので、MSはもう対応させる気はないでしょう。あきらめて元に戻しました。